Eine Operationsindikation bei M. Crohn kann sich in verschiedenen Situationen ergeben. Einerseits kann die Operation indiziert sein, wenn eine Erkrankungsmanifestation besteht, die durch eine medikamentöse Behandlung nicht in den Griff zu bekommen ist. Beispiele hierfür sind Beschwerden durch narbige, also nicht mehr akut entzündliche Engstellen, da die medikamentöse Therapie die Narben nicht auflösen und die Symptomatik dann auch nicht positiv beeinflussen kann. Auch bei Auftreten von Abszessen ist in aller Regel eine operative Behandlung indiziert, da bei fehlender Entlastung von Abszessen gerade unter einer medikamentösen Therapie, die die körpereigene Abwehr schwächt (immunsuppressive Therapie), durch Übertritt von im Abszess befindlichen Bakterien in die Blutbahn schweren Blutvergiftungen auftreten können. Auch Fisteln (Kurzschlussverbindungen) zwischen Darm und Blase oder Harnleitern, die schwere chronische Harnweginfektionen auslösen können, müssen operiert werden.
Neben diesen klaren Indikationen bietet sich in vielen Situation eine Operation als Alternative zur medikamentösen Therapie an. Ein Beispiel hierfür ist der isolierte M. Crohn am Dünndarm-Dickdarm-Übergang, der unter einer intensiven medikamentösen Therapie wenig symptomatisch gehalten werden kann.